Die Herzklinik ist der Stiftsklinik räumlich angegliedert und besteht aus dem Operationstrakt mit zwei Sälen und einer 14-Betten Intensiv- und Aufwachstation. Seitens des ärztlichen Personals ist die Herzklink dem Klinikum Großhadern der Universität München zugehörig. Direktor der Herzchirurgie in der Herzklinik ist Prof. Dr. Bruno Reichart, die Anästhesie- und Intensivmedizin wird von Oberarzt Dr. Kilger geleitet.

In den zwei Operationssälen werden sämtliche Eingriffe der Erwachsenen-Herzchirurgie durchgeführt. Dazu gehören auch Herztransplantationen, Kunstherzimplantationen und herzchirurgische Eingriffe ohne Herz-Lungen-Maschine. Jährlich werden ca. 800 bis 1000 Operationen durchgeführt, durchschnittlich vier Eingriffe pro Tag.

400 dieser Patienten kommen wie bisher aus der Stiftsklinik, d.h. die Diagnose der Herzerkrankung wird hier gestellt. Die anderen Patienten werden über verschiedene andere Krankenhäuser und auch niedergelassene Kardiologen zur Operation sowie zur prä- und postoperativen Betreuung an die Herzklinik bzw. an die Stiftsklinik überwiesen.